乡镇综合执法队在一定条件下有权扣车。依据相关法律法规，执法部门在特定情况下可扣留车辆。《道路交通安全法》等相关法律规定了执法部门对违规车辆的扣留权力，若不及时处理，可能导致违规车辆继续危害公共安全或影响交通秩序。
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乡镇综合执法队处理扣车问题的常见方式包括依法扣留、通知车主并出具凭证。选择处理方式时，应依据违规事实，按照《道路交通安全法》等法规，对符合扣留条件的车辆，依法执行扣留，并及时通知车主，确保程序合法。
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乡镇综合执法队扣车问题处理：1. 发现违规车辆，立即依法扣留，并出具扣留凭证。2. 通知车主违规情况及扣留原因，依据《道路交通安全法》等处理。3. 按规定程序处理扣留车辆，确保不侵犯车主合法权益。