首先，90年没有结婚证但户口本在一起，并不构成法律上的婚姻关系，户口本显示的“夫妻关系”应纠正。其次，依据《婚姻法》，未办理结婚登记而以夫妻名义同居的，属非法同居，不存在解除婚姻，分开即可。若涉及财产分割，协议不成可诉讼解决。若符合实质婚姻要件，提起离婚诉讼，法院会按事实婚姻处理。长期不补办结婚手续，可能影响双方权益保护。
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90年无结婚证离婚问题，处理如下：1. 若构成事实婚姻，可直接向法院提起离婚诉讼，法院将按事实婚姻处理。2. 若不构成事实婚姻，双方直接分开即可，对于同居期间财产，先协议处理，不成则提起诉讼。3. 无论何种情况，均建议咨询专业律师，以确保权益得到妥善保护。
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对于90年没有结婚证户口本在一起的情况，常见处理方式为：一是确认是否构成事实婚姻，如构成则可提起离婚诉讼；二是不构成则直接分开，涉及财产问题可协议或诉讼解决。选择时，需根据是否满足事实婚姻构成要件来判断，满足则选诉讼，不满足则选分开并协商处理财产。